禽流感的诊断主要依靠流行病学与临床表现，确诊有赖于病毒分离、病毒抗原与血清抗体检测。流行病学史包括是否到过疫区，或与家禽有密切接触，或与禽流感患者有密切接触史。1周内出现流感样临床表现并出现持续高热(>39℃)者应警惕禽流感。病毒分离、病毒抗原与血清抗体检测是诊断禽流感的重要方法。患者甲型流感病毒和H5亚型特异性单克隆抗体直接免疫荧光法阳性，患者呼吸道标本(鼻咽或气管吸出物)酶联免疫法检测阳性者，应列为疑似病例；患者呼吸道标本 (咽拭子、鼻咽或气管吸出物、痰或肺组织)分离出流感病毒A(H5N1)，或血清微量中和试验检测流感病毒A(H5N1)抗体阳性，或采用流感病毒A(H5N1)特异性血凝素基因反转录PCR检测呼吸道标本阳性均可确诊。